As fístulas digestivas se situam geralmente no estômago, nos intestinos ou no cólon. Elas são freqüentes devido à complicação de uma doença digestiva como em caso de perfuração de úlcera duodenal, ou gástrica por exemplo, um problema em conseqüência de uma intervenção cirúrgica ou traumatismo, mais raramente.
O conteúdo do tubo digestivo é então escoado em outro órgão, digestivo ou não, na cavidade abdominal, por vezes diretamente na pele. Em caso de escoamento de matérias fecais na bexiga no caso de uma fístula uro digestiva, as fezes podem ser emitidas na urina. O tratamento desse gênero de fístula necessita cirurgia.