As bactérias patogênicas são aquelas que atacam o organismo. Elas se opõem às saprófitas, bactérias presentes naturalmente no organismo e que vivem em harmonia com o ser humano. As bactérias patogênicas penetram no organismo e podem causar transtornos mais ou menos severos durante seu processo de desenvolvimento e multiplicação. Elas podem ser naturalmente eliminadas pelas células de defesa, que as reconhecem como estranhas. Em caso de reação insuficiente do organismo ou de resistência dessas bactérias, um tratamento com antibióticos se faz necessário. Pacientes com imunidade baixa são mais sensíveis às bactérias patogênicas.