As bactérias saprófitas são aquelas que não se desenvolvem no organismo vivo e se nutrem apenas de dejetos presentes nesses organismos. São opostas às bactérias patogênicas, que penetram no organismo, desenvolvem-se dentro dele e são responsáveis pelas infecções. A maioria das bactérias saprófitas são inofensivas para o homem, mas algumas delas podem ser prejudiciais por conta das toxinas que liberam. Encontramos numerosas espécies de bactérias saprófitas no corpo humano, especialmente na pele, aparelho digestivo e na flora vaginal.