As doenças do pênis são diversas. Pode-se tratar de infecções, geralmente sexualmente transmissíveis, que podem provocar lesões cutâneas, como a herpes genital, a sífilis, cancro mole (cancroide) ou por vezes o sinal do encontro com o vírus da Aids. Essas doenças podem afetar uma ou todas as partes do pênis: a glande, o prepúcio (parte da pele que cobre a glande) da bainha do pênis. Micoses, infecções por fungos, são igualmente comuns. Outras patologias podem afetar o pênis como a fimose, a parafimose, a doença de La Peyronie, a gangrena de Fournier, a fratura ou falso passo do coito, priapismo, ou câncer do pênis.
as manifestações clínicas dependem da causa da doença: