O ecossistema é o conjunto de componentes vivos em uma zona, além do meio ambiente que a cerca. Na medicina, podemos falar do ecossistema de determinados órgãos ou zonas do corpo. Por exemplo, o ecossistema do tubo digestivo é um conjunto de bactérias que povoam o aparelho digestivo desde o nascimento. Essas bactérias ajudam o organismo na digestão dos alimentos. Se o equilíbrio da flora digestiva é perturbado em caso de modificação alimentar ou agressão por outros germes, problemas gástricos, como diarreia, podem aparecer.